ВКонтакте API

Можно ли создать приложение и выложить его в контакт, если Adobe Flash CS5 пиратской версии?

Нельзя. Но все так делают.

Значит наказание я за это не понесу?

Пока ваши приложения не популярны и в них мало народу, всем будет по барабану пиратка у вас там или лицензионная флеш. Но если приложение станет популярным придется все-таки купить лицензию.
Компильте релиз в Flash Develop она бесплатна)

А можно сперва создать на Flash. потом накопив на программу просто все эти материалы возвести по новой?